利用中性蛋白酶的酶促反應，可把動植物的大分子蛋白質水解成小分子肽或氨基酸，以利于蛋白質的有效吸收和利用，其水解液AN%高，水解度高，風味佳，已廣泛用于生產高級調味品和食品營養(yǎng)強化劑，各種動物來源性抽提物生產功能性骨、肉提取物（骨素）、水產提取物、蛋白胨、肽等及研究開發(fā)一些高附加值的功能食品。

中性蛋白酶可將面團的蛋白質水解成胨、肽類甚至氨基酸，從而減弱面團筋力，使它具有良好的可塑性和延伸性，保持清晰美觀的印花圖案。改善成品的光澤、使餅干斷面層次分明，結構均勻一致，口感松爽酥脆。